Denne synagoge stammer tilbage fra det 16. århundrede, fra år 1553 for at være præcis, og det er den mindste i Krakow. Den blev bygget af familien til den polske rabbiner Moses Isserles, men desværre blev synagogen næsten fuldstændig ødelagt under den nazistiske besættelse. Kun en halv snes gravsten overlevede Anden Verdenskrig i deres oprindelige tilstand, og blandt dem var den af Rabbi Moses Isserles.

I perioden under den nazistiske besættelse, mellem 1939 og 1945, fungerede synagogen som et lager for ligposer og brandslukningsudstyr, men den led desværre alvorlig skade og blev efterfølgende renoveret i 1957 af det jødiske trossamfund.

I dag er kirkegården og synagogen et pilgrimssted for praktiserende jøder fra hele verden.